6 Ağustos 1515 tarihinde babası Kanuni Sultan Süleyman’ın şehzadeliği sırasında babasının yedinci, annesinin ise ikinci evladı olarak Manisa’da dünyaya gelmiştir. Annesi Çerkesya Hükümdarı İdar Mirza Temruko’dan olma, Kırım Han’ı I. Mengli Giray kızı Nazcan Hatun’dan doğma Mahidevran Sultan’dır. Ana-baba bir Şehzade Mahmud adında 1512 doğumlu bir ağabeyi, 1518 doğumlu Şehzade Ahmed, 1521 doğumlu Fatma Nur Sultan ve 1525 doğumlu Raziye Sultan adlı 4 kardeşi daha vardır. Dedesi Yavuz Sultan Selim’in 1520’de hayatını kaybetmesi üzerine Osmanlı tahtına oturmak üzere İstanbul’a giden babasının yanında başkente gitmiştir. Hürrem Sultan’ın babasının sarayına girmesinden sonra annesi Mahidevran Sultan ile Kanuni’ye dört şehzade daha doğuran Hürrem Sultan arasında, Kanuni’den sonra kendi oğullarının tahta çıkmasını sağlamak için büyük bir mücadele yaşanmıştır. Şehzade Mustafa, 1534-1541 arasında Saruhan Sancak Beyi olarak görev yapmıştır. Saruhan, padişah adayının görev yaptığı yer kabul edilirmiş, dolayısıyla Şehzade Mustafa dönemin veliaht şehzadesiymiş. 16 Haziran 1541’de Amasya Sancak Beyliği’ne atanmış, Saruhan Sancak Beyliği’ne ise kardeşi Şehzade Mehmed getirilmiştir. Halk ve askerler bu duruma tepki göstermiş, bunun üzerine I. Süleyman, doğu topraklarının güvenliği için şehzadenin Amasya’ya gönderildiğini ve veliahtlığının sürdüğünü açıklamıştır. Ardından, Mehmed’in beklenmedik şekilde 1543’te ölümünden sonra Saruhan Sancakbeyliği’ne Şehzade Selim getirilmiş ve Şehzade Mustafa ise 1549 yılında Konya Sancakbeyliğine atanmıştır. Mustafa, şairdir mahlası ise Muhlisidir. Ayrıca hattattır. Irakeyn ve Korfu Seferi’nde ve Boğdan Seferi’nde Anadolu Muhafızı, dokuzuncu seferde İstanbul Muhafızı olmuştur. Manisa Bozdağ’da, cami, saray, türbe, çeşmeler yaptırmıştır. Görüntüsü ve tavırlarıyla dedesi Yavuz Sultan Selim’e çok benzediği söylenmektedir. Şehzade Mustafa’nın bilhassa Amasya’dayken ilim meclislerinde bolca bulunduğu, devrin önemli müderrislerinden dersler aldığı ifade edilmiştir. Celalzade Salih Çelebi, Manisalı Senai Mehmed Çelebi, Hayreddin Hızır Efendi, Şems Efendi, Şair Lali Çelebi, Karaçelebizade Hicri Mehmed Muhyiddin Efendi, İstanbul Kadısı, Şair Muhyiddin Mehmed Hüseyni Efendi gibi âlimlerden dersler almıştır. Şehzade’nin hocalarından olan Mustafa Sürûrî Efendi, Bahrü’l- Maarif ve Zahiretü’l-Müluk adlı eserleri yazıp Şehzade’ye sunmuştur. Şehzade’nin katli üzerine de Kanuni ile alakasını kesip bir daha görüşmemiş ve kendisine verilmek istenen bütün resmî vazifeleri de reddetmiştir. Şehzade Mustafa’nın ölümü üzerine Fünûnî, Rahmî, Edirneli Nazmî, Muînî, Mustafa, Müdâmî, Sâmî, Kara Fazlî, Nisâyî, Şeyh Ahmed Efendi, Selîmî, Kâdirî gibi şairler mersiyeler yazmışlardır. Hakkında yazılmış en tanınmış mersiye, Taşlıcalı Yahya tarafından yazılandır. Şehzade Mustafa, sultan olmadan kendisine bu denli fazla mersiye yazılan tek şehzade olarak tarihe geçmiştir.